La Sampdoria vince la concorrenza dell’Inter e si aggiudica le prestazioni di Zukanovic, difensore del Chievo Verona. al Chievo andranno 2,9 milioni più il cartellino di Fabrizio Cacciatore. Ad inizio carriera gioca prevalentemente in patria, prima al FK Zeljeznicar, poi al Velez Mostar; in mezzo una breve esperienza all’Austria Lustenau. Nel 2010 viene acquistato dalla squadra belga dell’Eupen, dimostrando fin dall’inizio il fiuto del goal. La stagione successiva passa al Kortrijk, club in cui realizza 8 goal in due anni, e nell’estate 2013 si trasferisce al Gent, siglando due reti in 37 presenze. Il 20 giugno 2014 passa al Chievo con la formula del prestito diritto on diritto di riscatto. Esordisce in Serie A nella partita persa 2-1 a Genova contro la Sampdoria; il 26 ottobre realizza il primo goal con la casacca gialloblù in occasione della partita in casa contro il Genoa. L’11 febbraio al Tardini contro il Parma realizza una rete favolosa, grazie ad un calcio di punizione da 25 metri tirato alla perfezione, che vale la vittoria per il Chievo e la sua seconda rete in campionato nel giorno del suo ventottesimo compleanno. L’11 giugno 2015 il club veronese comunica di aver esercitato l’opzione per l’acquisizione definitiva del giocatore bosniaco.